Pada hari Sabtu, 15 Maret 2025 telah dilaksanakan perjanjian kerjasama antara UIN Sunan Kelijaga Yogyakarta dengan Fakultas Kedokteran Universitas Diponegoro di Ruang Rapat Gedung Prof. Syaifudin Zuhri. Penandatanganan antara Prof. Noorhaidi Hasan, S. Ag., MA., M. Phil., Ph. D selaku Rektor UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta dengan Dr. Dr. Yan Wisnu Parjoko, M. Kes., Sp.B.Subsp.Onk(K) selaku Dekan Fakultas Kedokteran Universitas Diponegoro disaksikan oleh para Pejabat dari UIN Sunan Kalijaga, para Pejabat dari Fakultas Kedokteran Universitas Diponegoro, Polda Daerah Istimewa Yogyakarta dan Tim Pendirian Fakultas Kedokteran UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta.

Dalam sambutannya Rektor UIN Sunan Kalijaga menyampaikan terima kasih kepada Fakultas Kedokteran Universitas Diponegoro yang telah berkenan bekerja sama membantu pendirian fakultas kedokteran. UIN yang dikenal sebagai kampus inklusi dan ramah difabel serta kampus pluralisme (mhs dan dosen ada yang beragama non Islam) sudah dirintis sejak tahun 2019, tahun lalu ada prodi biomedis dan mohon dukungannya akan berdirinya Fakultas Kedokteran ini. Saat ini seang disiapkan sarpras, lab dan pendukung lainnya, semoga bulan Juli 2025 sudah bisa submit proposal.

Dekan Fakultas Kedokteran Uinversitas Diponegoro menyampaikan bahwa saat ini ada 33 prodi di fakultas kedokteran dan 30 terakreditasi unggu. Undip siap membantu proses pendirian Fakultas Kedokteran UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta.

Kerjasama ini sebagai tindaknlanjut dari Nota Kesepahaman (MoU), dimana kerjasama dengan Fakultas Kedoktoeran ini berlaku selama 2 tahun terhitung mulai tanggal ditandatanginya perjanjian ini dan dapat diperpanjang kembali.