Penandatanganan kerja sama Peningkatan Mutu Perguruan Tinggi Keagamaan Katolik Dirjen Bimbingan Masyarakat Katolik Kementerian Agama dengan UIN Sunan Kalijaga pada tanggal 7 Maret 2025 dihadiri oleh Direktur Pendidikan Katolik Ditjen Bimas Katolik Kementerian Agama RI - Dr. Salman Habeahan, S.Ag., M.M, ⁠Kasubdit Pendidikan Tinggi Direktorat Pendidikan Tinggi Ditjen Bimas Katolik Kemenag RI - Yuvensius Sepur, S.Fil, M.Si, Wakil Rektor III - ⁠Dr. Abdur Rozaki, M.Si, Wakil Rektor II- ⁠Dr. Mochamad Sodik, S.Sos., M.Si dan Wakil Rektor I - ⁠Prof. Dr. Istiningsih, M.Pd.

Kerjasama nantinya berupa : 1. Pelaksanaan Sertifikasi Dosen PTK Katolik, ⁠Pelaksanaan Penilaian BKD PTK Katolik, 2.⁠Pelaksanaan Peningkatan Mutu PTK Katolik melalui koordinasi, pendampingan, dan kegiatan, ⁠3. Pelaksanaan Studi Lanjut Dosen dan Tendik PTK Katolik serta 4.⁠Pelaksanaan Magang Penjaminan Mutu PTK Katolik. Kerjasama ini akan dilaksanakan selama 5 (lima) tahun, mulai tahun 2025 s.d. 2030.